A classificação, por si só, não fornece pistas suficientes sobre os insumos permitidos ou proibidos na agricultura orgânica. Isso ocorre porque, tanto no modelo convencional quanto no agroecológico de produção de alimentos, utiliza-se os três tipos de insumos. O que distingue o uso de insumos entre um modelo e outro é o modo de se desenvolver o sistema de produçã  

O modelo de produção agrícola convencional baseia-se no uso de tecnologias voltadas para priorizar a produtividade das lavouras, através do uso intensivo de adubos químicos sintéticos (produzidos pela indústria) e mecânicos com alto consumo de petróleo, um recurso não–renovável.
Além disso, é fundamental ressaltar a visão de curto prazo do modelo convencional. Esta visão faz com que se procure extrair máximas produtividades da produção vegetal e animal, desconsiderando os limites físicos e biológicos das espécies e do meio natural, assim como o aspecto social da produção.

Com isso, ocorre, por exemplo, que o calendário de aplicação de fertilizantes e agrotóxicos ao invés de seguir as necessidades das culturas, obedece a datas mensais de acordo com a conveniência do agricultor. Ao mesmo tempo em que se injetam hormônios e antibióticos nos animais se aumenta a suscetibilidade destes a doenças com rações ou instalações inadequados. Compram-se sementes híbridas que necessitam de altas doses de adubos sintéticos altamente solúveis e de agrotóxicos para terem altas produtividades, aumentando a dependência do agricultor diante das indústrias de insumo. Estas, por sua vez, possuem o mesmo objetivo primordial da produção convencional: maximizar seus lucros cada vez mais, independentemente das conseqüências para a saúde das pessoas e do ambiente natural.  

O modelo agroecológico, por sua vez, considera que a atividade agropecuária precisa estar apoiada numa base técnica de conhecimento adequada à diversidade e à complexidade dos sistemas de produção de alimentos. Mais do que produtos isolados, o modelo agroecológico busca desenvolver processos de produção capazes de integrar de modo harmônico todas as dimensões que compõem o meio rural (ecológica, econômica, social , cultural) a fim de promover a manutenção equilibrada do sistema no longo prazo.

Os conceitos de "otimização" e "manejo" da Agroecologia, substituem o de "maximização" e "controle" do modelo convencional. A finalidade passa a ser a de produzir alimentos no longo prazo, otimizando todos os recursos naturais disponíveis e priorizando a qualidade do produto final.

Daí, o fato de se utilizarem no modelo agroecológico apenas os insumos que não agridam a estrutura e a vida do solo, que não desequilibrem o metabolismo de plantas e animais , que não causem riscos de vida para o agricultor e para o consumidor. Todas as proibições e permissões de produtos consideram essas questões, pois as normas nada mais são do que o reflexo dos princípios da Agroecologia, nos quais os insumos são meros coadjuvantes de um sistema em que a inteligência humana assume o papel principal.